diff options
| -rw-r--r-- | basic.el | 5 | ||||
| -rw-r--r-- | suffix tree/LCS.el | 327 | ||||
| -rw-r--r-- | suffix tree/ST.cpp | 131 | ||||
| -rw-r--r-- | suffix tree/generalized-suffix-tree.el | 465 | ||||
| -rw-r--r-- | suffix tree/gst debugging platform.txt | 5398 | ||||
| -rw-r--r-- | suffix tree/gst test ground (2).txt | 1721 | ||||
| -rw-r--r-- | suffix tree/gst test ground.txt | 12467 | ||||
| -rw-r--r-- | suffix tree/lcs test ground.txt | 180 | ||||
| -rw-r--r-- | suffix tree/suffiex-tree.txt | 168 | ||||
| -rw-r--r-- | suffix tree/suffix tree test ground.txt | 145 | ||||
| -rw-r--r-- | suffix tree/suffix-tree.el | 397 | ||||
| -rw-r--r-- | tab-conf.el | 3 |
12 files changed, 7 insertions, 21400 deletions
@@ -143,6 +143,11 @@ window, then also delete the selected window." (define-key global-map (vector ?\s-k) #'durand-kill-current-buffer) +;;; Repeating pops + +;;;###autoload +(setq set-mark-command-repeat-pop t) + ;;; auto-fill for texts (set 'adaptive-fill-mode t) diff --git a/suffix tree/LCS.el b/suffix tree/LCS.el deleted file mode 100644 index 41bcec0..0000000 --- a/suffix tree/LCS.el +++ /dev/null @@ -1,327 +0,0 @@ -;;; LCS.el --- Longest Common Substrings of multiple strings -*- lexical-binding: t; -*- - -;;; Author: Durand -;;; Version: 0.0.1 - -;;; Commentary: - -;; First generate a generalized suffix tree of the strings, then -;; traverses the tree in a depth-first manner to find the nodes under -;; which there are suffixes from each and every string in question. -;; Finally collect and return the list of all substrings which are -;; common to all input strings and which have the longest length. - -;;; Code: - -;;; Our building block -(require 'generalized-suffix-tree) - -;;;###autoload -(defun lcs-string (strs) - "Return the longest common substring of STRS." - (lcs-interpret (lcs strs) strs)) - -;;;###autoload -(defun lcs-edge-length (node str-lens) - "Return the length of the edge going into NODE. - -Unlike `gst-edge-length', this does not need to know about -POSITION and NUM, since it is assumed that the tree is already -built before calling this function. - -If the node is a leaf, its end is denoted by infty, and we -wouldn't know the exact length if we don't know the length of the -string it corresponds to, so we need the argument STR-LENS to -provide that information." - (let ((start (car (cdr node))) - (end (cond - ((eq (car (cdr (cdr node))) 'infty) - (nth (car node) str-lens)) - (t (car (cdr (cdr node))))))) - (- end start))) - -;;;###autoload -(defun lcs-get-parent-length (parents) - "Return the length of the parent strings PARENTS." - (let* ((ls parents) - (result 0)) - (while (consp ls) - (setq result (+ result (- (caddr (car ls)) - (cadr (car ls))))) - (setq ls (cdr ls))) - result)) - -;;;###autoload -(defun lcs-get-env (node str-lens) - "Return the information we want to keep from NODE on the stack. - -STR-LENS is here to provide information about the ending index of -NODE if it is a lead. See the documentation for `lcs-edge-length' -for more." - (let ((num (car node)) - (start (car (cdr node))) - (end (cond - ((eq (car (cdr (cdr node))) 'infty) - (nth (car node) str-lens)) - (t (car (cdr (cdr node)))))) - (children (car (nthcdr 4 node)))) - (list num start end children))) - -;;; For debug purposes - -;;;###autoload -(defmacro lcs-debug (&rest vars) - "Print the names and the values of VARS." - `(insert - (mapconcat 'identity - (list - ,@(mapcar - (lambda (var) - `(format "%s: %S" - ,(symbol-name var) - ,var)) - vars)) - "\n") - "\n")) - -;;;###autoload -(defun lcs-pretty-stack-element (element) - "Return a pretty representation of ELEMENT." - (concat - "(" - (mapconcat - (lambda (slot) - (format "%S" - (cond - ((hash-table-p slot) - (gst-pretty-hash-table slot)) - ((consp slot) - (mapconcat #'lcs-pretty-stack-element slot ", ")) - (t slot)))) - element ", ") - ")")) - -;;;###autoload -(defun lcs-pretty-stack (stack) - "Prettify STACK. - -Apply `lcs-pretty-stack-element' to each element, and concatenate -them in a clean way." - (concat - "[ " - (mapconcat #'lcs-pretty-stack-element - stack - ",") - " ]" - "\n")) - -;;;###autoload -(defun lcs-prepare-env (long-env) - "Take the first three elements out of LONG-ENV." - (cons (car long-env) - (cons (cadr long-env) - (cons (caddr long-env) - nil)))) - -;;; Interpreting the result - -;;;###autoload -(defun lcs-interpret (result strs &optional just-length) - "Since the raw RESULT of `lcs' is not human-readable, we interpret it. -If JUST-LENGTH is non-nil, then this only returns the length of -the longest common substrings. Otherwise, it returns the longest -common substrings themselves. - -Of course, without STRS, we don't even know what our strings are." - (cond - (just-length (car result)) - (t (mapcar - (lambda (one-result) - (let ((chain one-result) - temp res-str) - (while (consp one-result) - (setq temp (car one-result)) - (setq res-str - (concat - (let ((nstr (nth (car temp) strs))) - (substring nstr - (cadr temp) - (min (caddr temp) (length nstr)))) - res-str)) - (setq one-result (cdr one-result))) - res-str)) - (cadr result))))) - -;;; The main engine - -;;;###autoload -(defun lcs (strs &optional just-length) - "Return the longest common substring of a list STRS of strings. - -If JUST-LENGTH is non-nil, then this only returns the length of the -longest common substring. Otherwise, it returns the length as well as the -longest common substring itself." - (let* ((strs (mapcar (lambda (str) - (vconcat str (list -1))) - strs)) - (str-lens (mapcar #'length strs)) - (tree (gst-build-for-strs strs str-lens)) - (max-height 0) - (bits-table (make-hash-table)) - (discovered-table (make-hash-table)) - (all-common (1- (expt 2 (length strs)))) - max-env stack current temp) - ;; The format of elements on the stack is as follows. - ;; (number start end children node-number parents) - - ;; Here number identifies the string this comes from. start, end - ;; and children have the same meaning as in the tree. Node-number - ;; is the number of the node that is recorded in the hash-table - ;; tree. And finally parents is a list of triples that represents - ;; parent segments. - (setq stack (progn - (maphash - (lambda (letter node) - (setq temp - (cons - (append - (lcs-get-env (gethash node tree) str-lens) - (list node nil ; parent strings represented as a triple of integers - )) - temp))) - (car (nthcdr 4 (gethash 1 tree)))) - temp)) - (setq temp nil) - ;; (insert (format "count: %d\n" count)) - ;; (lcs-debug all-common) - ;; (insert "stack: " (lcs-pretty-stack stack)) - (while (consp stack) - ;; (insert "stack: " (lcs-pretty-stack stack)) - (setq current (car stack)) - (let ((current-length (+ (lcs-get-parent-length (car (nthcdr 5 current))) - (- (min (caddr current) - ;; The final character does - ;; not count! - (1- (nth (car current) - str-lens))) - (cadr current)))) - (current-env (list (car current) - (cadr current) - (caddr current) - (car (nthcdr 3 current)))) - (current-children (car (nthcdr 3 current)))) - ;; (insert (format "\n\ncount: %d\n" count)) - ;; (insert "current: " (lcs-pretty-stack-element current) "\n") - ;; (lcs-debug current-length max-env max-height) - ;; (insert (format "current children: %S\n" (gst-pretty-hash-table current-children))) - ;; (insert (format - ;; "discovered: %S\n" - ;; (gst-pretty-hash-table discovered-table))) - ;; (insert (format - ;; "bits: %S\n" - ;; (gst-pretty-hash-table bits-table))) - (cond - ((not (hash-table-empty-p current-children)) ; There are children - (cond - ((gethash (car (nthcdr 4 current)) discovered-table) - ;; This node is already traversed - ;; This means we have already given bits to its children - (let ((bit (progn - (setq temp 0) - (maphash (lambda (child-letter child-num) - (setq - temp - (logior temp - (gethash child-num bits-table)))) - current-children) - temp) - ;; An alternative - ;; (apply #'logior - ;; (mapcar (lambda (num) - ;; (gethash num bits-table)) - ;; (hash-table-values current-children))) - )) - (setq temp nil) - (puthash (car (nthcdr 4 current)) bit bits-table) - ;; (lcs-debug bit) - ;; (insert (format - ;; "bits: %S\n" - ;; (gst-pretty-hash-table bits-table))) - (cond - ((= bit all-common) ; a common substring - (cond - ((> current-length max-height) - (setq max-height current-length) - (setq max-env (list - (cons - (list (car current) - (cadr current) - (caddr current)) - (mapcar #'lcs-prepare-env - (car (nthcdr 5 current))))))) - ((= current-length max-height) - (setq max-env - (cons (cons - (list (car current) - (cadr current) - (caddr current)) - (mapcar #'lcs-prepare-env - (car (nthcdr 5 current)))) - max-env))))))) - (setq stack (cdr stack))) - (t ; a new node! - (setq stack - (append - (progn - (maphash - (lambda (letter node) - (setq temp - (cons - (append - (lcs-get-env (gethash node tree) str-lens) - (list node - (cons current-env (car (nthcdr 5 current))))) - temp))) - current-children) - temp) - stack)) - (puthash (car (nthcdr 4 current)) 1 discovered-table) - ;; (insert (format "current children: %S\n" (gst-pretty-hash-table current-children))) - ;; (insert "stack: " (lcs-pretty-stack stack)) - (setq temp nil)))) - (t ; a leaf - (let* ((node-number (car (nthcdr 4 current))) - (leaf-labels (car (nthcdr 5 (gethash node-number tree)))) - (bit (apply #'logior - (mapcar (lambda (label) - (ash 1 (car label))) - leaf-labels)))) - ;; (insert "leaf") - ;; (lcs-debug node-number leaf-labels bit) - (puthash node-number bit bits-table) - (cond - ((= bit all-common) ; a common substring - (cond - ((> current-length max-height) - (setq max-height current-length) - (setq max-env (list - (cons - (list (car current) - (cadr current) - (caddr current)) - (mapcar #'lcs-prepare-env - (car (nthcdr 5 current))))))) - ((= current-length max-height) - (setq max-env - (cons (cons - (list (car current) - (cadr current) - (caddr current)) - (mapcar #'lcs-prepare-env - (car (nthcdr 5 current)))) - max-env)))))) - (setq stack (cdr stack))))))) - (list max-height max-env))) - -(provide 'lcs) -;;; LCS.el ends here diff --git a/suffix tree/ST.cpp b/suffix tree/ST.cpp deleted file mode 100644 index cad0ccb..0000000 --- a/suffix tree/ST.cpp +++ /dev/null @@ -1,131 +0,0 @@ -/** - * Copyright (c) 2016 Sergey Makagonov - * - * Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining - * a copy of this software and associated documentation files (the - * "Software"), to deal in the Software without restriction, including - * without limitation the rights to use, copy, modify, merge, publish, - * distribute, sublicense, and/or sell copies of the Software, and to - * permit persons to whom the Software is furnished to do so, subject to - * the following conditions: - * - * The above copyright notice and this permission notice shall be - * included in all copies or substantial portions of the Software. - * - * THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, - * EXPRESS OR IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF - * MERCHANTABILITY, FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND - * NONINFRINGEMENT. IN NO EVENT SHALL THE AUTHORS OR COPYRIGHT HOLDERS BE - * LIABLE FOR ANY CLAIM, DAMAGES OR OTHER LIABILITY, WHETHER IN AN ACTION - * OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE, ARISING FROM, OUT OF OR IN CONNECTION - * WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER DEALINGS IN THE SOFTWARE. - * - */ - -#include <iostream> -#include <stdio.h> -#include <string> - -const int oo = 1<<25; -const int ALPHABET_SIZE = 256; -const int MAXN = 5000; - -using namespace std; - -int root, last_added, pos, needSL, remainder, - active_node, active_e, active_len; - -struct node { -/* - There is no need to create an "Edge" struct. - Information about the edge is stored right in the node. - [start; end) interval specifies the edge, - by which the node is connected to its parent node. -*/ - - int start, end, slink; - int next[ALPHABET_SIZE]; - - int edge_length() { - return min(end, pos + 1) - start; - } -}; - -node tree[2*MAXN]; -char text[MAXN]; - -int new_node(int start, int end = oo) { - node nd; - nd.start = start; - nd.end = end; - nd.slink = 0; - for (int i = 0; i < ALPHABET_SIZE; i++) - nd.next[i] = 0; - tree[++last_added] = nd; - return last_added; -} - -char active_edge() { - return text[active_e]; -} - -void add_SL(int node) { - if (needSL > 0) tree[needSL].slink = node; - needSL = node; -} - -bool walk_down(int node) { - if (active_len >= tree[node].edge_length()) { - active_e += tree[node].edge_length(); - active_len -= tree[node].edge_length(); - active_node = node; - return true; - } - return false; -} - -void st_init() { - needSL = 0, last_added = 0, pos = -1, - remainder = 0, active_node = 0, active_e = 0, active_len = 0; - root = active_node = new_node(-1, -1); -} - -void st_extend(char c) { - text[++pos] = c; - needSL = 0; - remainder++; - while(remainder > 0) { - if (active_len == 0) active_e = pos; - if (tree[active_node].next[active_edge()] == 0) { - int leaf = new_node(pos); - tree[active_node].next[active_edge()] = leaf; - add_SL(active_node); //rule 2 - } else { - int nxt = tree[active_node].next[active_edge()]; - if (walk_down(nxt)) continue; //observation 2 - if (text[tree[nxt].start + active_len] == c) { //observation 1 - active_len++; - add_SL(active_node); //observation 3 - break; - } - int split = new_node(tree[nxt].start, tree[nxt].start + active_len); - tree[active_node].next[active_edge()] = split; - int leaf = new_node(pos); - tree[split].next[c] = leaf; - tree[nxt].start += active_len; - tree[split].next[text[tree[nxt].start]] = nxt; - add_SL(split); //rule 2 - } - remainder--; - if (active_node == root && active_len > 0) { //rule 1 - active_len--; - active_e = pos - remainder + 1; - } else - active_node = tree[active_node].slink > 0 ? tree[active_node].slink : root; //rule 3 - } -} - -int main() { - // - return 0; -} diff --git a/suffix tree/generalized-suffix-tree.el b/suffix tree/generalized-suffix-tree.el deleted file mode 100644 index 0435614..0000000 --- a/suffix tree/generalized-suffix-tree.el +++ /dev/null @@ -1,465 +0,0 @@ -;;; generalized-suffiex-tree.el --- Building a generalized suffix tree -*- lexical-binding: t; -*- - -;;; Author: Durand -;;; Version: 0.0.2 - -;;; Commentary: - -;; Our node is represented as a list of the following elements: - -;; number , from which string this edge comes -;; start , which is the starting index of the edge going from its parent -;; node to this node -;; end , the index of the end of the above edge -;; suffix-link, the index of the node this node's suffix-link points to -;; children , a hash-table of pairs of integers and indices of its -;; children -;; leaf-labels, a list of pairs (number start), where -;; number means the number-th string and -;; start is the starting position of this edge. -;; This element is nil for the internal nodes. - -;; To compute the length of the edge going into NODE we use: -;; (- (min end (1+ position)) start) -;; which is actually how far the position is on that edge, -;; if it is on that edge. - -;; We use only one terminating symbol, and that is -1. - -;;; Code: - -;;;###autoload -(defun gst-min (&rest args) - "Return the minimum among ARGS. -If an argument is 'infty, then it is considered greater than -every number." - (apply #'min (delq nil - (mapcar - (lambda (arg) - (cond - ((number-or-marker-p arg) arg) - ((eq arg 'infty) nil))) - args)))) - -;;;###autoload -(defun gst-edge-length (node position num str-lens) - "Return the length of the edge into NODE. -See the comment above this function for the reason -POSITION and NUM are here. - -And STR-LENS is here so that we know the lengths of previous strings." - (let* ((node-active-num (car node)) - (leafp (eq (car (cdr (cdr node))) 'infty)) - (leaf-labels (cond (leafp (car (nthcdr 5 node)))))) - (- (cond - ((and (/= node-active-num num) - leafp) - (nth node-active-num str-lens)) - ((/= node-active-num num) - (caddr node)) - (t (gst-min (caddr node) (1+ position)))) - (cond - ((and (/= node-active-num num) - leafp) - (or (cadr (assoc num leaf-labels #'eq)) - (cadr node))) - (t (cadr node)))))) - -;;;###autoload -(defun gst-new-node (tree last-added number start &optional end suffix-start) - "Make a new node with START and END as the coming edge. -NUMBER is the number of string the label belongs to. -Then add the new node to TREE. -LAST-ADDED is the number of elements already in the TREE." - (let* ((end (or end 'infty) ;; 'infty represents the index of a leaf - ) - (suffix-link 0) ;; The suffix link is initially 0 - (new-node - (cond ((eq end 'infty) - (list number start end suffix-link (make-hash-table) - (list (list number suffix-start)))) - (t - (list number start end suffix-link (make-hash-table)))))) - (puthash (1+ last-added) new-node tree) - (1+ last-added))) - -;;;###autoload -(defun gst-add-leaf-label (tree leaf number start) - "Add a label to LEAF in TREE. -NUMBER and START represent the label." - (let* ((actual-node (gethash leaf tree)) - (leaf-labels (cdr (cdr (cdr (cdr (cdr actual-node))))))) - (cond ((and (consp leaf-labels) - (not (eq (caaar leaf-labels) number))) - (setcar leaf-labels - (cons (list number start) - (car leaf-labels))))))) - -;;;###autoload -(defun gst-add-suffix-link (tree need-sl node) - "If NEED-SL is positive, then add the suffix link. -In particular, the node corresponding to NEED-SL in TREE -gets a suffix link pointing to NODE. - -This always returns NODE." - (let ((suffix-link-cdr (nthcdr 3 (gethash need-sl tree)))) - (cond - ((and (> need-sl 1) (/= need-sl node) - (= (car suffix-link-cdr) 0)) - (setcar suffix-link-cdr node)))) - node) - -;;;###autoload -(defun gst-canonize (tree node position active-number active-edge-index active-length active-node - str-lens) - "Walk down TREE to find the correct active point. - -To be precise, we start from NODE, use POSITION, ACTIVE-NUMBER, -and STR-LENS to calculate the length of the edge, and compare -with ACTIVE-LENGTH. If it is less than that, then that means we -shall continue walking down the tree, so we return t in the first -element, while setting other variables to the correct values so -that the caller of this function can use the updated values. - -ACTIVE-EDGE-INDEX is present solely for the purpose of updating." - (let* ((actual-node (gethash node tree)) - (node-edge-length (gst-edge-length actual-node position active-number - str-lens))) - (cond - ((>= active-length node-edge-length) - (list t - active-number - (+ active-edge-index - node-edge-length) - (- active-length - node-edge-length) - node)) - (t - (list nil - active-number - active-edge-index - active-length - active-node))))) - -;;;###autoload -(defsubst gst-aref (strs num index) - "Return the INDEX th element in NUM th element of STRS." - (aref (nth num strs) index)) - -;;;###autoload -(defun gst-extend-tree (tree last-added position remain - active-node active-number active-edge-index - active-length character strs num str-lens) - "Extend TREE by CHARACTER in NUM-th string of STRS. -The return value is -\(tree - last-added remain active-node - active-number active-edge-index active-length) - -Other parameters: LAST-ADDED, POSITION, REMAIN, ACTIVE-NODE, -ACTIVE-NUMBER, ACTIVE-EDGE-INDEX, and ACTIVE-LENGTH have special -meanings in the algorithm. - -STR-LENS can be supplied so that we don't have to calculate the -lengths repeatedly." - (let* ((need-sl 0) - (remain (1+ remain)) - continue-p breakp terminating-no-split) - (while (and (not breakp) (> remain 0)) - (setq continue-p nil breakp nil) - (setq terminating-no-split nil) - (cond - ((= active-length 0) - (setq active-edge-index position) - (setq active-number num))) - (let* ((actual-node (gethash active-node tree)) - (nxt (cond - (actual-node - (gethash (gst-aref strs active-number active-edge-index) - (car (nthcdr 4 actual-node))))))) - (cond - ((null nxt) - ;; We don't want many terminating characters branches. - (cond - ((and (eq character -1) - (eq (caddr actual-node) 'infty) - (eq (gst-aref strs (car actual-node) - (cadr actual-node)) - -1))) - (t - (let ((leaf (gst-new-node tree last-added num position nil - (- position remain -1)))) - (setq last-added leaf) - (puthash (gst-aref strs active-number active-edge-index) - leaf - (car (nthcdr 4 (gethash active-node tree)))) - (setq need-sl (gst-add-suffix-link tree need-sl active-node))))) - ;; rule 2 - ) - (t - (let* ((result (gst-canonize - tree nxt position active-number - active-edge-index active-length active-node - str-lens))) - (cond - ((car result) - ;; observation 2 - (setq active-number (car (cdr result))) - (setq active-edge-index (car (cdr (cdr result)))) - (setq active-length (car (cdr (cdr (cdr result))))) - (setq active-node (car (cdr (cdr (cdr (cdr result)))))) - (setq continue-p t)) - (t - (cond - ((eq (gst-aref strs - (car (gethash nxt tree)) - (+ active-length - (cadr (gethash nxt tree)))) - character) - ;; observation 1 - (setq active-length (1+ active-length)) - (setq need-sl (gst-add-suffix-link tree need-sl active-node)) - ;; (setq breakp t) - ;; terminating symbol special handling - (cond - ((eq character -1) ; terminating symbol - (gst-add-leaf-label tree nxt num (- position remain -1)) - (setq active-length (1- active-length)) - ;; We don't want to split since this is a match. But - ;; we don't want to break since this is a - ;; terminating symbol. So we invent a new variable - ;; to do this. - (setq terminating-no-split t) - ;; But if remain = 1 then we do want to break. - (cond - ((eq remain 1) - (setq breakp t))) - ) - (t - (setq breakp t))))) - (cond - ((or breakp terminating-no-split)) - (t ; splitting - (let ((split (gst-new-node - tree last-added (car (gethash nxt tree)) (cadr (gethash nxt tree)) - (+ (cadr (gethash nxt tree)) active-length)))) - (setq last-added split) - (puthash - (gst-aref strs active-number active-edge-index) - split (cadr (cdr (cdr (cdr (gethash active-node tree)))))) - (let ((leaf (gst-new-node tree last-added num position - nil (- position remain -1)))) - (setq last-added leaf) - (puthash character - leaf - (cadddr (cdr (gethash split tree)))) - (setcar (cdr (gethash nxt tree)) - (min - (+ (cadr (gethash nxt tree)) - active-length) - (1- (nth (car (gethash nxt tree)) str-lens)))) - (puthash (gst-aref strs - (car (gethash nxt tree)) - (cadr (gethash nxt tree))) - nxt - (cadddr (cdr (gethash split tree)))) - ;; rule 2 - (setq need-sl - (gst-add-suffix-link tree need-sl split))))))))))) - (cond - ((or continue-p breakp)) - (t - (setq remain (1- remain)) - (cond - ((and (eq active-node 1) ; root - (> active-length 0)) - (setq active-length (1- active-length)) - (setq active-edge-index - (1+ (- position remain)))) - (t - (setq active-node - (let ((slink (cadddr (gethash active-node tree)))) - (cond ; follow the suffix link or go to root - ((> slink 1) slink) - (t 1))))))))) - ;; (cond ((eq character -1) - ;; (insert (format "Extending terminating character\n")) - ;; (insert "strs: " (format "%S" strs) "\n") - ;; (lcs-debug remain active-node active-edge-index - ;; active-number active-length num - ;; continue-p breakp terminating-no-split) - ;; (gst-print-tree tree strs))) - ) - (list tree last-added remain active-node - active-number active-edge-index active-length))) - -;;;###autoload -(defun gst-build-for-strs (strs &optional str-lens) - "Build the generalized suffix tree for STRS. -One can optionally provide STR-LENS to avoid calculating the -lengths again." - (let* ((len (length strs)) - (index 0) - (tree (make-hash-table)) - (last-added 0) - (active-node (gst-new-node tree last-added index -1 -1)) - (str-lens (or str-lens (mapcar #'length strs)))) - (setq last-added active-node) - (while (< index len) - (let* ((position 0) - (character (gst-aref strs index position)) - (remain 0) - (active-node 1) ; start from the root - (active-number index) ; root comes - (active-edge-index 0) - (active-length 0) - result) ; temporary holder - (while (and (< position (nth index str-lens)) character) - ;; (setq old-character character) - (setq result (gst-extend-tree tree last-added position remain - active-node active-number active-edge-index - active-length character strs index - str-lens)) - (setq tree (pop result)) - (setq last-added (pop result)) - (setq remain (pop result)) - (setq active-node (pop result)) - (setq active-number (pop result)) - (setq active-edge-index (pop result)) - (setq active-length (pop result)) - (setq position (1+ position)) - (setq character (ignore-errors (gst-aref strs index position))) - ;; (cond - ;; ((characterp old-character) - ;; (insert (format "After adding character %c:\n" old-character)) - ;; (gst-print-tree tree - ;; (append (seq-take strs index) - ;; (list (concat - ;; (seq-take (nth index strs) position) - ;; "$")))) - ;; (insert "\n\n")) - ;; ((= old-character -1) - ;; (insert (format "After adding character -1:\n")) - ;; (gst-print-tree tree - ;; (seq-take strs (1+ index))) - ;; (insert "\n\n"))) - )) - (setq index (1+ index)) - ;; (insert "\n \n") - ) - tree)) - -;;; Printing - -;; This section is not necessary. It is here just to print the trees -;; to make sure we don't make some strange errors. - -(require 'hierarchy) -(require 'seq) - -;;;###autoload -(defun gst-print-strs (strs) - "Print strings STRS nicely." - (mapc (lambda (str) - (mapc (lambda (char) - (cond ((characterp char) (insert char)) - (t (insert ", ")))) - str)) - strs)) - -;;;###autoload -(defun gst-pretty-hash-table (table) - "Only return the useful parts from TABLE. - -To be precise, this returns the keys and values of the -hash-table, in the form of an alist." - (let (keys-values-alist) - (maphash - (lambda (key value) - (setq keys-values-alist - (cons - (cons key value) - keys-values-alist))) - table) - keys-values-alist)) - -;;;###autoload -(defun gst-pretty-node (node) - "Outputs a prettified NODE." - (format "(%d %d %s %d %s %S)" - (car node) (cadr node) - (caddr node) (cadddr node) - (gst-pretty-hash-table (car (nthcdr 4 node))) - (car (nthcdr 5 node)))) - -;;;###autoload -(defun gst-print-tree-for-strs (strs) - "Print the generalized suffix tree for STRS." - (let* ((strs (mapcar (lambda (str) - (vconcat str (list -1))) - strs)) - (symbol (make-symbol "gtree"))) - (set symbol (gst-build-for-strs strs)) - (insert "Generalized suffix tree for: ") - (gst-print-strs strs) - (delete-region (- (point) 2) (point)) - (insert ":\n") - (gst-print-tree (symbol-value symbol) strs))) - -;;;###autoload -(defvar gst-full-error-p nil - "Whether to print full nodes in the output.") - -;;;###autoload -(defun gst-print-tree (tree strs) - "Print TREE with the aid of STRS." - (let* ((symbol-tree (make-symbol "new-hierarchy")) - (strs (mapcar (lambda (str) - (mapcar (lambda (c) - (cond ((eq c -1) ?$) - (c))) - str)) - strs))) - (set symbol-tree (hierarchy-new)) - (maphash - (lambda (key value) - (hierarchy-add-tree - (symbol-value symbol-tree) key nil - (lambda (item) - (hash-table-values (car (nthcdr 4 (gethash item tree))))))) - tree) - (hierarchy-print - (symbol-value symbol-tree) - (lambda (item) - (cond ((= item 1) "root") - (t (let ((actual-str - (let* ((node (gethash item tree)) - (leafp (eq (caddr node) 'infty)) - (leaf-labels - (cond (leafp (car (nthcdr 5 node)))))) - (concat - (seq-subseq - (nth (car node) strs) - (min (cadr node) (1- (length (nth (car node) strs)))) - (cond (leafp -1) - (t (caddr node)))) - (cond - (leafp - (apply - #'concat - (mapcar - (lambda (label) - (let ((first (car label)) - (second (cadr label))) - (format "$ (%d : %d)" - first second))) - leaf-labels)))))))) - (cond (gst-full-error-p - (concat - (format "key: %d, %s, %s" item actual-str - (gst-pretty-node (gethash item tree))))) - (t actual-str))))))))) - -(provide 'generalized-suffix-tree) - -;;; generalized-suffix-tree.el ends here diff --git a/suffix tree/gst debugging platform.txt b/suffix tree/gst debugging platform.txt deleted file mode 100644 index f725e0d..0000000 --- a/suffix tree/gst debugging platform.txt +++ /dev/null @@ -1,5398 +0,0 @@ -(setq test (gst-build-for-strs - (mapcar - (lambda (str) - (vconcat str (list -1))) - '("ido-completions" - ;; "url-file-name-all-completions" - )))) - -(gst-print-tree test (mapcar - (lambda (str) - (vconcat str (list -1))) - '("ido-completions" - ;; "url-file-name-all-completions" - ))) - -(setq test-result - (gst-extend-tree test 19 0 0 1 1 0 0 ?u - (mapcar - (lambda (str) - (vconcat str (list -1))) - '("ido-completions" - "url-file-name-all-completions" - )) - 1 '(16 30))) - -(save-excursion - (gst-print-tree (car test-result) - (mapcar - (lambda (str) - (vconcat str (list -1))) - '("ido-completions" - "u" - )))) - -root - i - ons$ (0 : 11) - do-completions$ (0 : 0) - do-completions$ (0 : 1) - o - mpletions$ (0 : 5) - -completions$ (0 : 2) - ns$ (0 : 12) - -completions$ (0 : 3) - completions$ (0 : 4) - mpletions$ (0 : 6) - pletions$ (0 : 7) - letions$ (0 : 8) - etions$ (0 : 9) - tions$ (0 : 10) - ns$ (0 : 13) - s$ (0 : 14) - $ (0 : 15) - u$ (1 : 0) - -Extending terminating character -strs: ([105 100 111 45 99 111 109 112 108 101 ...] [117 114 108 45 102 105 108 101 45 110 ...] [99 111 109 105 110 116 45 99 111 109 ...]) -remain: 0 -active-node: 1 -active-edge-index: 15 -active-number: 0 -active-length: 0 -num: 0 -continue-p: nil -breakp: nil -terminating-no-split: nil -root - i - ons$$ (0 : 11) - do-completions$$ (0 : 0) - do-completions$$ (0 : 1) - o - mpletions$$ (0 : 5) - -completions$$ (0 : 2) - ns$$ (0 : 12) - -completions$$ (0 : 3) - completions$$ (0 : 4) - mpletions$$ (0 : 6) - pletions$$ (0 : 7) - letions$$ (0 : 8) - etions$$ (0 : 9) - tions$$ (0 : 10) - ns$$ (0 : 13) - s$$ (0 : 14) - $$ (0 : 15) -Extending terminating character -strs: ([105 100 111 45 99 111 109 112 108 101 ...] [117 114 108 45 102 105 108 101 45 110 ...] [99 111 109 105 110 116 45 99 111 109 ...]) -remain: 0 -active-node: 1 -active-edge-index: 16 -active-number: 0 -active-length: 0 -num: 0 -continue-p: nil -breakp: nil -terminating-no-split: t -root - i - ons$$ (0 : 11) - do-completions$$ (0 : 0) - do-completions$$ (0 : 1) - o - mpletions$$ (0 : 5) - -completions$$ (0 : 2) - ns$$ (0 : 12) - -completions$$ (0 : 3) - completions$$ (0 : 4) - mpletions$$ (0 : 6) - pletions$$ (0 : 7) - letions$$ (0 : 8) - etions$$ (0 : 9) - tions$$ (0 : 10) - ns$$ (0 : 13) - s$$ (0 : 14) - $$ (0 : 15) -Extending terminating character -strs: ([105 100 111 45 99 111 109 112 108 101 ...] [117 114 108 45 102 105 108 101 45 110 ...] [99 111 109 105 110 116 45 99 111 109 ...]) -remain: 12 -active-node: 1 -active-edge-index: 18 -active-number: 1 -active-length: 11 -num: 1 -continue-p: nil -breakp: nil -terminating-no-split: t -root - i - ons$$ (0 : 11) - do-completions$$ (0 : 0) - le-name-all-completions$$ (1 : 5) - do-completions$$ (0 : 1) - o - mpletions$$ (0 : 5) - -completions$$ (0 : 2) - ns$$ (0 : 12) - - - file-name-all-completions$$ (1 : 3) - completions$$ (1 : 17)$ (0 : 3) - name-all-completions$$ (1 : 8) - all-completions$$ (1 : 13) - completions$$ (0 : 4) - m - e-all-completions$$ (1 : 11) - pletions$$ (0 : 6) - pletions$$ (0 : 7) - l - - - completions$$ (1 : 16) - file-name-all-completions$$ (1 : 2) - e - -name-all-completions$$ (1 : 6) - tions$$ (0 : 8) - l-completions$$ (1 : 15) - e - - - all-completions$$ (1 : 12) - name-all-completions$$ (1 : 7) - tions$$ (0 : 9) - tions$$ (0 : 10) - n - ame-all-completions$$ (1 : 9) - s$$ (0 : 13) - s$$ (0 : 14) - $$ (0 : 15) - url-file-name-all-completions$$ (1 : 0) - rl-file-name-all-completions$$ (1 : 1) - file-name-all-completions$$ (1 : 4) - a - ll-completions$$ (1 : 14) - me-all-completions$$ (1 : 10) -Extending terminating character -strs: ([105 100 111 45 99 111 109 112 108 101 ...] [117 114 108 45 102 105 108 101 45 110 ...] [99 111 109 105 110 116 45 99 111 109 ...]) -remain: 11 -active-node: 1 -active-edge-index: 19 -active-number: 1 -active-length: 10 -num: 1 -continue-p: nil -breakp: nil -terminating-no-split: t -root - i - ons$$ (0 : 11) - do-completions$$ (0 : 0) - le-name-all-completions$$ (1 : 5) - do-completions$$ (0 : 1) - o - mpletions$$ (0 : 5) - -completions$$ (0 : 2) - ns$$ (0 : 12) - - - file-name-all-completions$$ (1 : 3) - completions$$ (1 : 17)$ (0 : 3) - name-all-completions$$ (1 : 8) - all-completions$$ (1 : 13) - completions$$ (1 : 18)$ (0 : 4) - m - e-all-completions$$ (1 : 11) - pletions$$ (0 : 6) - pletions$$ (0 : 7) - l - - - completions$$ (1 : 16) - file-name-all-completions$$ (1 : 2) - e - -name-all-completions$$ (1 : 6) - tions$$ (0 : 8) - l-completions$$ (1 : 15) - e - - - all-completions$$ (1 : 12) - name-all-completions$$ (1 : 7) - tions$$ (0 : 9) - tions$$ (0 : 10) - n - ame-all-completions$$ (1 : 9) - s$$ (0 : 13) - s$$ (0 : 14) - $$ (0 : 15) - url-file-name-all-completions$$ (1 : 0) - rl-file-name-all-completions$$ (1 : 1) - file-name-all-completions$$ (1 : 4) - a - ll-completions$$ (1 : 14) - me-all-completions$$ (1 : 10) -Extending terminating character -strs: ([105 100 111 45 99 111 109 112 108 101 ...] [117 114 108 45 102 105 108 101 45 110 ...] [99 111 109 105 110 116 45 99 111 109 ...]) -remain: 11 -active-node: 7 -active-edge-index: 20 -active-number: 1 -active-length: 9 -num: 1 -continue-p: t -breakp: nil -terminating-no-split: nil -root - i - ons$$ (0 : 11) - do-completions$$ (0 : 0) - le-name-all-completions$$ (1 : 5) - do-completions$$ (0 : 1) - o - mpletions$$ (0 : 5) - -completions$$ (0 : 2) - ns$$ (0 : 12) - - - file-name-all-completions$$ (1 : 3) - completions$$ (1 : 17)$ (0 : 3) - name-all-completions$$ (1 : 8) - all-completions$$ (1 : 13) - completions$$ (1 : 18)$ (0 : 4) - m - e-all-completions$$ (1 : 11) - pletions$$ (0 : 6) - pletions$$ (0 : 7) - l - - - completions$$ (1 : 16) - file-name-all-completions$$ (1 : 2) - e - -name-all-completions$$ (1 : 6) - tions$$ (0 : 8) - l-completions$$ (1 : 15) - e - - - all-completions$$ (1 : 12) - name-all-completions$$ (1 : 7) - tions$$ (0 : 9) - tions$$ (0 : 10) - n - ame-all-completions$$ (1 : 9) - s$$ (0 : 13) - s$$ (0 : 14) - $$ (0 : 15) - url-file-name-all-completions$$ (1 : 0) - rl-file-name-all-completions$$ (1 : 1) - file-name-all-completions$$ (1 : 4) - a - ll-completions$$ (1 : 14) - me-all-completions$$ (1 : 10) -Extending terminating character -strs: ([105 100 111 45 99 111 109 112 108 101 ...] [117 114 108 45 102 105 108 101 45 110 ...] [99 111 109 105 110 116 45 99 111 109 ...]) -remain: 10 -active-node: 1 -active-edge-index: 20 -active-number: 1 -active-length: 9 -num: 1 -continue-p: nil -breakp: nil -terminating-no-split: t -root - i - ons$$ (0 : 11) - do-completions$$ (0 : 0) - le-name-all-completions$$ (1 : 5) - do-completions$$ (0 : 1) - o - mpletions$$ (1 : 19)$ (0 : 5) - -completions$$ (0 : 2) - ns$$ (0 : 12) - - - file-name-all-completions$$ (1 : 3) - completions$$ (1 : 17)$ (0 : 3) - name-all-completions$$ (1 : 8) - all-completions$$ (1 : 13) - completions$$ (1 : 18)$ (0 : 4) - m - e-all-completions$$ (1 : 11) - pletions$$ (0 : 6) - pletions$$ (0 : 7) - l - - - completions$$ (1 : 16) - file-name-all-completions$$ (1 : 2) - e - -name-all-completions$$ (1 : 6) - tions$$ (0 : 8) - l-completions$$ (1 : 15) - e - - - all-completions$$ (1 : 12) - name-all-completions$$ (1 : 7) - tions$$ (0 : 9) - tions$$ (0 : 10) - n - ame-all-completions$$ (1 : 9) - s$$ (0 : 13) - s$$ (0 : 14) - $$ (0 : 15) - url-file-name-all-completions$$ (1 : 0) - rl-file-name-all-completions$$ (1 : 1) - file-name-all-completions$$ (1 : 4) - a - ll-completions$$ (1 : 14) - me-all-completions$$ (1 : 10) -Extending terminating character -strs: ([105 100 111 45 99 111 109 112 108 101 ...] [117 114 108 45 102 105 108 101 45 110 ...] [99 111 109 105 110 116 45 99 111 109 ...]) -remain: 10 -active-node: 36 -active-edge-index: 21 -active-number: 1 -active-length: 8 -num: 1 -continue-p: t -breakp: nil -terminating-no-split: nil -root - i - ons$$ (0 : 11) - do-completions$$ (0 : 0) - le-name-all-completions$$ (1 : 5) - do-completions$$ (0 : 1) - o - mpletions$$ (1 : 19)$ (0 : 5) - -completions$$ (0 : 2) - ns$$ (0 : 12) - - - file-name-all-completions$$ (1 : 3) - completions$$ (1 : 17)$ (0 : 3) - name-all-completions$$ (1 : 8) - all-completions$$ (1 : 13) - completions$$ (1 : 18)$ (0 : 4) - m - e-all-completions$$ (1 : 11) - pletions$$ (0 : 6) - pletions$$ (0 : 7) - l - - - completions$$ (1 : 16) - file-name-all-completions$$ (1 : 2) - e - -name-all-completions$$ (1 : 6) - tions$$ (0 : 8) - l-completions$$ (1 : 15) - e - - - all-completions$$ (1 : 12) - name-all-completions$$ (1 : 7) - tions$$ (0 : 9) - tions$$ (0 : 10) - n - ame-all-completions$$ (1 : 9) - s$$ (0 : 13) - s$$ (0 : 14) - $$ (0 : 15) - url-file-name-all-completions$$ (1 : 0) - rl-file-name-all-completions$$ (1 : 1) - file-name-all-completions$$ (1 : 4) - a - ll-completions$$ (1 : 14) - me-all-completions$$ (1 : 10) -Extending terminating character -strs: ([105 100 111 45 99 111 109 112 108 101 ...] [117 114 108 45 102 105 108 101 45 110 ...] [99 111 109 105 110 116 45 99 111 109 ...]) -remain: 9 -active-node: 1 -active-edge-index: 21 -active-number: 1 -active-length: 8 -num: 1 -continue-p: nil -breakp: nil -terminating-no-split: t -root - 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com - int-completion-at-point$ (1 : 0) - pletion - -at-point$ (1 : 7) - s$ (0 : 4) - m - int-completion-at-point$ (1 : 2) - pletion - -at-point$ (1 : 9) - s$ (0 : 6) - p - oint$ (1 : 21) - letion - -at-point$ (1 : 10) - s$ (0 : 7) - letion - -at-point$ (1 : 11) - s$ (0 : 8) - etion - -at-point$ (1 : 12) - s$ (0 : 9) - t - - - point$ (1 : 19) - completion-at-point$ (1 : 5) - ion - -at-point$ (1 : 13) - s$ (0 : 10) - $ (1 : 25) - n - t - $ (1 : 24) - -completion-at-point$ (1 : 4) - s$ (0 : 13) - -at-point$ (1 : 16) - s$ (0 : 14) - $ (1 : 26)$ (0 : 15) - at-point$ (1 : 18) - - - - -After adding character p: -root - i - on - -at-point$ (1 : 14) - s$ (0 : 11) - do-completions$ (0 : 0) - nt - $ (1 : 23) - -completion-at-point$ (1 : 3) - do-completions$ (0 : 1) - o - m - int-completion-at-point$ (1 : 1) - pletion - -at-point$ (1 : 8) - s$ (0 : 5) - -completions$ (0 : 2) - n - -at-point$ (1 : 15) - s$ (0 : 12) - int$ (1 : 22) - - - at-point$ (1 : 17) - completion - -at-point$ (1 : 6) - s$ (0 : 3) - 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revious-c$ (2 : 0) - letion - -at-point$ (1 : 11) - s$ (0 : 8) - e - vious-c$ (2 : 2) - tion - -at-point$ (1 : 12) - s$ (0 : 9) - t - - - point$ (1 : 19) - completion-at-point$ (1 : 5) - ion - -at-point$ (1 : 13) - s$ (0 : 10) - $ (1 : 25) - n - t - $ (1 : 24) - -completion-at-point$ (1 : 4) - s$ (0 : 13) - -at-point$ (1 : 16) - s - -c$ (2 : 7) - $ (0 : 14) - $ (1 : 26)$ (0 : 15) - at-point$ (1 : 18) - revious-c$ (2 : 1) - vious-c$ (2 : 3) - us-c$ (2 : 6) - - -After adding character o: -root - i - o - us-co$ (2 : 4) - n - -at-point$ (1 : 14) - s$ (0 : 11) - do-completions$ (0 : 0) - nt - $ (1 : 23) - -completion-at-point$ (1 : 3) - do-completions$ (0 : 1) - o - m - int-completion-at-point$ (1 : 1) - pletion - -at-point$ (1 : 8) - s$ (0 : 5) - -completions$ (0 : 2) - n - -at-point$ (1 : 15) - s$ (0 : 12) - int$ (1 : 22) - us-co$ (2 : 5) - - - at-point$ (1 : 17) - completion - -at-point$ (1 : 6) - s$ (0 : 3) - point$ (1 : 20) - com - int-completion-at-point$ (1 : 0) - pletion - -at-point$ (1 : 7) - 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i - o - us-compl$ (2 : 4) - n - -at-point$ (1 : 14) - s$ (0 : 11) - do-completions$ (0 : 0) - nt - $ (1 : 23) - -completion-at-point$ (1 : 3) - do-completions$ (0 : 1) - o - m - int-completion-at-point$ (1 : 1) - pletion - -at-point$ (1 : 8) - s$ (0 : 5) - -completions$ (0 : 2) - n - -at-point$ (1 : 15) - s$ (0 : 12) - int$ (1 : 22) - us-compl$ (2 : 5) - - - at-point$ (1 : 17) - completion - -at-point$ (1 : 6) - s$ (0 : 3) - point$ (1 : 20) - com - int-completion-at-point$ (1 : 0) - pletion - -at-point$ (1 : 7) - s$ (0 : 4) - m - int-completion-at-point$ (1 : 2) - pletion - -at-point$ (1 : 9) - s$ (0 : 6) - p - oint$ (1 : 21) - letion - -at-point$ (1 : 10) - s$ (0 : 7) - revious-compl$ (2 : 0) - letion - -at-point$ (1 : 11) - s$ (0 : 8) - e - vious-compl$ (2 : 2) - tion - -at-point$ (1 : 12) - s$ (0 : 9) - t - - - point$ (1 : 19) - completion-at-point$ (1 : 5) - ion - -at-point$ (1 : 13) - s$ (0 : 10) - $ (1 : 25) - n - t - $ (1 : 24) - -completion-at-point$ (1 : 4) - s$ (0 : 13) - -at-point$ (1 : 16) - 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-at-point$ (1 : 6) - s$ (0 : 3) - point$ (1 : 20) - com - int-completion-at-point$ (1 : 0) - pletion - -at-point$ (1 : 7) - s$ (0 : 4) - m - int-completion-at-point$ (1 : 2) - pletion - -at-point$ (1 : 9) - s$ (0 : 6) - p - oint$ (1 : 21) - letion - -at-point$ (1 : 10) - s$ (0 : 7) - revious-completi$ (2 : 0) - letion - -at-point$ (1 : 11) - s$ (0 : 8) - e - vious-completi$ (2 : 2) - tion - -at-point$ (1 : 12) - s$ (0 : 9) - t - - - point$ (1 : 19) - completion-at-point$ (1 : 5) - ion - -at-point$ (1 : 13) - s$ (0 : 10) - $ (1 : 25) - n - t - $ (1 : 24) - -completion-at-point$ (1 : 4) - s$ (0 : 13) - -at-point$ (1 : 16) - s - -completi$ (2 : 7) - $ (0 : 14) - $ (1 : 26)$ (0 : 15) - at-point$ (1 : 18) - revious-completi$ (2 : 1) - vious-completi$ (2 : 3) - us-completi$ (2 : 6) - - -After adding character o: -root - i - o - us-completio$ (2 : 4) - n - -at-point$ (1 : 14) - s$ (0 : 11) - do-completions$ (0 : 0) - nt - $ (1 : 23) - -completion-at-point$ (1 : 3) - do-completions$ (0 : 1) - 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- -After adding character p: -root - i - o - us-completion$ (2 : 4) - n - - - flex--make-flex-p$ (3 : 7) - at-point$ (1 : 14) - s$ (0 : 11) - $ (2 : 16) - do-completions$ (0 : 0) - nt - $ (1 : 23) - -completion-at-point$ (1 : 3) - do-completions$ (0 : 1) - o - m - int-completion-at-point$ (1 : 1) - pletion - - - flex--make-flex-p$ (3 : 1) - at-point$ (1 : 8) - s$ (0 : 5) - $ (2 : 10) - -completions$ (0 : 2) - n - - - flex--make-flex-p$ (3 : 8) - at-point$ (1 : 15) - s$ (0 : 12) - $ (2 : 17) - int$ (1 : 22) - us-completion$ (2 : 5) - - - at-point$ (1 : 17) - completion - -at-point$ (1 : 6) - s$ (0 : 3) - $ (2 : 8) - point$ (1 : 20) - flex- - p$ (3 : 21) - -make-flex-p$ (3 : 10) - -make-flex-p$ (3 : 15) - make-flex-p$ (3 : 16) - com - int-completion-at-point$ (1 : 0) - pletion - - - flex--make-flex-p$ (3 : 0) - at-point$ (1 : 7) - s$ (0 : 4) - $ (2 : 9) - m - int-completion-at-point$ (1 : 2) - pletion - - - flex--make-flex-p$ (3 : 2) - at-point$ (1 : 9) - s$ (0 : 6) - $ (2 : 11) - ake-flex-p$ (3 : 17) - 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int$ (1 : 22) - us-completion$ (2 : 5) - - - at-point$ (1 : 17) - completion - -at-point$ (1 : 6) - s$ (0 : 3) - $ (2 : 8) - p - atte$ (3 : 26) - oint$ (1 : 20) - flex- - patte$ (3 : 21) - -make-flex-patte$ (3 : 10) - -make-flex-patte$ (3 : 15) - make-flex-patte$ (3 : 16) - com - int-completion-at-point$ (1 : 0) - pletion - - - flex--make-flex-patte$ (3 : 0) - at-point$ (1 : 7) - s$ (0 : 4) - $ (2 : 9) - m - int-completion-at-point$ (1 : 2) - pletion - - - flex--make-flex-patte$ (3 : 2) - at-point$ (1 : 9) - s$ (0 : 6) - $ (2 : 11) - ake-flex-patte$ (3 : 17) - p - oint$ (1 : 21) - letion - - - flex--make-flex-patte$ (3 : 3) - at-point$ (1 : 10) - s$ (0 : 7) - $ (2 : 12) - revious-completion$ (2 : 0) - atte$ (3 : 27) - le - x- - patte$ (3 : 23) - -make-flex-patte$ (3 : 12) - tion - - - flex--make-flex-patte$ (3 : 4) - at-point$ (1 : 11) - s$ (0 : 8) - $ (2 : 13) - e - vious-completion$ (2 : 2) - tion - - - flex--make-flex-patte$ (3 : 5) - at-point$ (1 : 12) - s$ (0 : 9) - $ (2 : 14) - x- - patte$ (3 : 24) - -make-flex-patte$ (3 : 13) - -flex-patte$ (3 : 20) - t - - - point$ (1 : 19) - completion-at-point$ (1 : 5) - ion - - - flex--make-flex-patte$ (3 : 6) - at-point$ (1 : 13) - s$ (0 : 10) - $ (2 : 15) - $ (1 : 25) - te$ (3 : 29) - e$ (3 : 30) - n - t - $ (1 : 24) - -completion-at-point$ (1 : 4) - s$ (0 : 13) - - - flex--make-flex-patte$ (3 : 9) - at-point$ (1 : 16) - $ (2 : 18) - s - -completion$ (2 : 7) - $ (0 : 14) - $ (2 : 19)$ (1 : 26)$ (0 : 15) - a - ke-flex-patte$ (3 : 18) - t - te$ (3 : 28) - -point$ (1 : 18) - revious-completion$ (2 : 1) - vious-completion$ (2 : 3) - us-completion$ (2 : 6) - flex- - patte$ (3 : 22) - -make-flex-patte$ (3 : 11) - x- - patte$ (3 : 25) - -make-flex-patte$ (3 : 14) - ke-flex-patte$ (3 : 19) - - -After adding character r: -root - i - o - us-completion$ (2 : 4) - n - - - flex--make-flex-patter$ (3 : 7) - at-point$ (1 : 14) - s$ (0 : 11) - $ (2 : 16) - do-completions$ (0 : 0) - nt - $ (1 : 23) - -completion-at-point$ (1 : 3) - do-completions$ (0 : 1) - 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oint$ (1 : 21) - letion - - - flex--make-flex-pattern$ (3 : 3) - at-point$ (1 : 10) - s$ (0 : 7) - $ (2 : 12) - revious-completion$ (2 : 0) - attern$ (3 : 27) - l - doc-remove-command-completion$ (4 : 1) - e - x- - pattern$ (3 : 23) - -make-flex-pattern$ (3 : 12) - tion - - - flex--make-flex-pattern$ (3 : 4) - at-point$ (1 : 11) - s$ (0 : 8) - $ (2 : 13) - e - vious-completion$ (2 : 2) - tion - - - flex--make-flex-pattern$ (3 : 5) - at-point$ (1 : 12) - s$ (0 : 9) - $ (2 : 14) - x- - pattern$ (3 : 24) - -make-flex-pattern$ (3 : 13) - - - command-completion$ (4 : 11) - flex-pattern$ (3 : 20) - rn$ (3 : 31) - ldoc-remove-command-completion$ (4 : 0) - move-command-completion$ (4 : 7) - t - - - point$ (1 : 19) - completion-at-point$ (1 : 5) - ion - - - flex--make-flex-pattern$ (3 : 6) - at-point$ (1 : 13) - s$ (0 : 10) - $ (2 : 15) - $ (1 : 25) - tern$ (3 : 29) - ern$ (3 : 30) - n - t - $ (1 : 24) - -completion-at-point$ (1 : 4) - s$ (0 : 13) - - - flex--make-flex-pattern$ (3 : 9) - at-point$ (1 : 16) - 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mand-completions$ (4 : 14) - -completions$ (0 : 2) - n - - - flex--make-flex-pattern$ (3 : 8) - at-point$ (1 : 15) - s$ (0 : 12) - $ (2 : 17) - int$ (1 : 22) - us-completion$ (2 : 5) - c-remove-command-completions$ (4 : 3) - ve-command-completions$ (4 : 9) - - - at-point$ (1 : 17) - com - mand-completions$ (4 : 12) - pletion - -at-point$ (1 : 6) - s$ (0 : 3) - $ (2 : 8) - p - attern$ (3 : 26) - oint$ (1 : 20) - flex- - pattern$ (3 : 21) - -make-flex-pattern$ (3 : 10) - -make-flex-pattern$ (3 : 15) - make-flex-pattern$ (3 : 16) - remove-command-completions$ (4 : 5) - c - -remove-command-completions$ (4 : 4) - om - int-completion-at-point$ (1 : 0) - pletion - - - flex--make-flex-pattern$ (3 : 0) - at-point$ (1 : 7) - s$ (0 : 4) - $ (2 : 9) - mand-completions$ (4 : 13) - m - int-completion-at-point$ (1 : 2) - pletion - - - flex--make-flex-pattern$ (3 : 2) - at-point$ (1 : 9) - s$ (0 : 6) - $ (2 : 11) - a - nd-completions$ (4 : 16) - ke-flex-pattern$ (3 : 17) - ove-command-completions$ (4 : 8) - mand-completions$ (4 : 15) - p - oint$ (1 : 21) - letion - - - flex--make-flex-pattern$ (3 : 3) - at-point$ (1 : 10) - s$ (0 : 7) - $ (2 : 12) - revious-completion$ (2 : 0) - attern$ (3 : 27) - l - doc-remove-command-completions$ (4 : 1) - e - x- - pattern$ (3 : 23) - -make-flex-pattern$ (3 : 12) - tion - - - flex--make-flex-pattern$ (3 : 4) - at-point$ (1 : 11) - s$ (0 : 8) - $ (2 : 13) - e - vious-completion$ (2 : 2) - tion - - - flex--make-flex-pattern$ (3 : 5) - at-point$ (1 : 12) - s$ (0 : 9) - $ (2 : 14) - x- - pattern$ (3 : 24) - -make-flex-pattern$ (3 : 13) - - - command-completions$ (4 : 11) - flex-pattern$ (3 : 20) - rn$ (3 : 31) - ldoc-remove-command-completions$ (4 : 0) - move-command-completions$ (4 : 7) - t - - - point$ (1 : 19) - completion-at-point$ (1 : 5) - ion - - - flex--make-flex-pattern$ (3 : 6) - at-point$ (1 : 13) - s$ (0 : 10) - $ (2 : 15) - $ (1 : 25) - tern$ (3 : 29) - ern$ (3 : 30) - n - t - $ (1 : 24) - -completion-at-point$ (1 : 4) - s$ (0 : 13) - - - flex--make-flex-pattern$ (3 : 9) - at-point$ (1 : 16) - $ (3 : 33)$ (2 : 18) - d-completions$ (4 : 18) - s - -completion$ (2 : 7) - $ (0 : 14) - $ (2 : 19)$ (1 : 26)$ (0 : 15) - a - ke-flex-pattern$ (3 : 18) - t - tern$ (3 : 28) - -point$ (1 : 18) - nd-completions$ (4 : 17) - r - n$ (3 : 32) - e - move-command-completions$ (4 : 6) - vious-completion$ (2 : 1) - v - e-command-completions$ (4 : 10) - ious-completion$ (2 : 3) - us-completion$ (2 : 6) - flex- - pattern$ (3 : 22) - -make-flex-pattern$ (3 : 11) - x- - pattern$ (3 : 25) - -make-flex-pattern$ (3 : 14) - ke-flex-pattern$ (3 : 19) - - -After adding character -1: -root - i - o - us-completion$ (2 : 4) - n - - - flex--make-flex-pattern$ (3 : 7) - at-point$ (1 : 14) - s$ (0 : 11) - $ (2 : 16) - do-completions$ (0 : 0) - nt - $ (1 : 23) - -completion-at-point$ (1 : 3) - d - -completions$ (4 : 19) - o - c-remove-command-completions$ (4 : 2) - -completions$ (0 : 1) - o - m - int-completion-at-point$ (1 : 1) - pletion - - - flex--make-flex-pattern$ (3 : 1) - at-point$ (1 : 8) - s$ (0 : 5) - $ (2 : 10) - mand-completions$ (4 : 14) - -completions$ (0 : 2) - n - - - flex--make-flex-pattern$ (3 : 8) - at-point$ (1 : 15) - s$ (0 : 12) - $ (2 : 17) - int$ (1 : 22) - us-completion$ (2 : 5) - c-remove-command-completions$ (4 : 3) - ve-command-completions$ (4 : 9) - - - at-point$ (1 : 17) - com - mand-completions$ (4 : 12) - pletion - -at-point$ (1 : 6) - s$ (4 : 20)$ (0 : 3) - $ (2 : 8) - p - attern$ (3 : 26) - oint$ (1 : 20) - flex- - pattern$ (3 : 21) - -make-flex-pattern$ (3 : 10) - -make-flex-pattern$ (3 : 15) - make-flex-pattern$ (3 : 16) - remove-command-completions$ (4 : 5) - c - -remove-command-completions$ (4 : 4) - om - int-completion-at-point$ (1 : 0) - pletion - - - flex--make-flex-pattern$ (3 : 0) - at-point$ (1 : 7) - s$ (0 : 4) - $ (2 : 9) - mand-completions$ (4 : 13) - m - int-completion-at-point$ (1 : 2) - pletion - - - flex--make-flex-pattern$ (3 : 2) - at-point$ (1 : 9) - s$ (0 : 6) - $ (2 : 11) - a - nd-completions$ (4 : 16) - ke-flex-pattern$ (3 : 17) - ove-command-completions$ (4 : 8) - mand-completions$ (4 : 15) - p - oint$ (1 : 21) - letion - - - flex--make-flex-pattern$ (3 : 3) - at-point$ (1 : 10) - s$ (0 : 7) - $ (2 : 12) - revious-completion$ (2 : 0) - attern$ (3 : 27) - l - doc-remove-command-completions$ (4 : 1) - e - x- - pattern$ (3 : 23) - -make-flex-pattern$ (3 : 12) - tion - - - flex--make-flex-pattern$ (3 : 4) - at-point$ (1 : 11) - s$ (0 : 8) - $ (2 : 13) - e - vious-completion$ (2 : 2) - tion - - - flex--make-flex-pattern$ (3 : 5) - at-point$ (1 : 12) - s$ (0 : 9) - $ (2 : 14) - x- - pattern$ (3 : 24) - -make-flex-pattern$ (3 : 13) - - - command-completions$ (4 : 11) - flex-pattern$ (3 : 20) - rn$ (3 : 31) - ldoc-remove-command-completions$ (4 : 0) - move-command-completions$ (4 : 7) - t - - - point$ (1 : 19) - completion-at-point$ (1 : 5) - ion - - - flex--make-flex-pattern$ (3 : 6) - at-point$ (1 : 13) - s$ (0 : 10) - $ (2 : 15) - $ (1 : 25) - tern$ (3 : 29) - ern$ (3 : 30) - n - t - $ (1 : 24) - -completion-at-point$ (1 : 4) - s$ (0 : 13) - - - flex--make-flex-pattern$ (3 : 9) - at-point$ (1 : 16) - $ (3 : 33)$ (2 : 18) - d-completions$ (4 : 18) - s - -completion$ (2 : 7) - $ (0 : 14) - $ (2 : 19)$ (1 : 26)$ (0 : 15) - a - ke-flex-pattern$ (3 : 18) - t - tern$ (3 : 28) - -point$ (1 : 18) - nd-completions$ (4 : 17) - r - n$ (3 : 32) - e - move-command-completions$ (4 : 6) - vious-completion$ (2 : 1) - v - e-command-completions$ (4 : 10) - ious-completion$ (2 : 3) - us-completion$ (2 : 6) - flex- - pattern$ (3 : 22) - -make-flex-pattern$ (3 : 11) - x- - pattern$ (3 : 25) - -make-flex-pattern$ (3 : 14) - ke-flex-pattern$ (3 : 19) - - - - - -Debugging continues. - -Generalized suffix tree for: ido-completions, comint-completion-at-point, previous-completion, completion-flex--make-flex-pattern, eldoc-remove-command-completions: -root - i - o - us-completion$ (2 : 4) - n - - - flex--make-flex-pattern$ (3 : 7) - at-point$ (1 : 14) - s$ (4 : 28)$ (0 : 11) - $ (2 : 16) - do-completions$ (0 : 0) - nt - $ (1 : 23) - -completion-at-point$ (1 : 3) - d - -completions$ (4 : 19) - o - c-remove-command-completions$ (4 : 2) - -completions$ (0 : 1) - o - m - int-completion-at-point$ (1 : 1) - pletion - - - flex--make-flex-pattern$ (3 : 1) - at-point$ (1 : 8) - s$ (4 : 22)$ (0 : 5) - $ (2 : 10) - mand-completions$ (4 : 14) - -completions$ (0 : 2) - n - - - flex--make-flex-pattern$ (3 : 8) - at-point$ (1 : 15) - s$ (4 : 29)$ (0 : 12) - $ (2 : 17) - int$ (1 : 22) - us-completion$ (2 : 5) - c-remove-command-completions$ (4 : 3) - ve-command-completions$ (4 : 9) - - - at-point$ (1 : 17) - com - mand-completions$ (4 : 12) - pletion - -at-point$ (1 : 6) - s$ (4 : 20)$ (0 : 3) - $ (2 : 8) - p - attern$ (3 : 26) - oint$ (1 : 20) - flex- - pattern$ (3 : 21) - -make-flex-pattern$ (3 : 10) - -make-flex-pattern$ (3 : 15) - make-flex-pattern$ (3 : 16) - remove-command-completions$ (4 : 5) - c - -remove-command-completions$ (4 : 4) - om - int-completion-at-point$ (1 : 0) - pletion - - - flex--make-flex-pattern$ (3 : 0) - at-point$ (1 : 7) - s$ (4 : 21)$ (0 : 4) - $ (2 : 9) - mand-completions$ (4 : 13) - m - int-completion-at-point$ (1 : 2) - pletion - - - flex--make-flex-pattern$ (3 : 2) - at-point$ (1 : 9) - s$ (4 : 23)$ (0 : 6) - $ (2 : 11) - a - nd-completions$ (4 : 16) - ke-flex-pattern$ (3 : 17) - ove-command-completions$ (4 : 8) - mand-completions$ (4 : 15) - p - oint$ (1 : 21) - letion - - - flex--make-flex-pattern$ (3 : 3) - at-point$ (1 : 10) - s$ (4 : 24)$ (0 : 7) - $ (2 : 12) - revious-completion$ (2 : 0) - attern$ (3 : 27) - l - doc-remove-command-completions$ (4 : 1) - e - x- - pattern$ (3 : 23) - -make-flex-pattern$ (3 : 12) - tion - - - flex--make-flex-pattern$ (3 : 4) - at-point$ (1 : 11) - s$ (4 : 25)$ (0 : 8) - $ (2 : 13) - e - vious-completion$ (2 : 2) - tion - - - flex--make-flex-pattern$ (3 : 5) - at-point$ (1 : 12) - s$ (4 : 26)$ (0 : 9) - $ (2 : 14) - x- - pattern$ (3 : 24) - -make-flex-pattern$ (3 : 13) - - - command-completions$ (4 : 11) - flex-pattern$ (3 : 20) - rn$ (3 : 31) - ldoc-remove-command-completions$ (4 : 0) - move-command-completions$ (4 : 7) - t - - - point$ (1 : 19) - completion-at-point$ (1 : 5) - ion - - - flex--make-flex-pattern$ (3 : 6) - at-point$ (1 : 13) - s$ (4 : 27)$ (0 : 10) - $ (2 : 15) - $ (1 : 25) - tern$ (3 : 29) - ern$ (3 : 30) - n - t - $ (1 : 24) - -completion-at-point$ (1 : 4) - s$ (4 : 30)$ (0 : 13) - - - flex--make-flex-pattern$ (3 : 9) - at-point$ (1 : 16) - $ (3 : 33)$ (2 : 18) - d-completions$ (4 : 18) - s - -completion$ (2 : 7) - $ (4 : 31)$ (0 : 14) - $ (4 : 32)$ (3 : 34)$ (2 : 19)$ (1 : 26)$ (0 : 15) - a - ke-flex-pattern$ (3 : 18) - t - tern$ (3 : 28) - -point$ (1 : 18) - nd-completions$ (4 : 17) - r - n$ (3 : 32) - e - move-command-completions$ (4 : 6) - vious-completion$ (2 : 1) - v - e-command-completions$ (4 : 10) - ious-completion$ (2 : 3) - us-completion$ (2 : 6) - flex- - pattern$ (3 : 22) - -make-flex-pattern$ (3 : 11) - x- - pattern$ (3 : 25) - -make-flex-pattern$ (3 : 14) - ke-flex-pattern$ (3 : 19) - diff --git a/suffix tree/lcs test ground.txt b/suffix tree/lcs test ground.txt deleted file mode 100644 index 5762268..0000000 --- a/suffix tree/lcs test ground.txt +++ /dev/null @@ -1,180 +0,0 @@ - -longest commons substring of ("abab" "baba") is: -(3 - ((0 2 3 - ((0 1 2) - (0 0 1))) - (0 3 4 - ((0 2 3) - (0 1 2))))) - -Generalized suffix tree for: ido-completions, comint-completion-at-point, previous-completion, completion-flex--make-flex-pattern, eldoc-remove-command-completions: -root - i - o - us-completion$ (2 : 4) - n - - - flex--make-flex-pattern$ (3 : 7) - at-point$ (1 : 14) - s$ (0 : 11) - $ (2 : 16) - do-completions$ (0 : 0) - nt - $ (1 : 23) - -completion-at-point$ (1 : 3) - d - -completions$ (4 : 19) - o - c-remove-command-completions$ (4 : 2) - -completions$ (0 : 1) - o - m - int-completion-at-point$ (1 : 1) - pletion - - - flex--make-flex-pattern$ (3 : 1) - at-point$ (1 : 8) - s$ (0 : 5) - $ (2 : 10) - mand-completions$ (4 : 14) - -completions$ (0 : 2) - n - - - flex--make-flex-pattern$ (3 : 8) - at-point$ (1 : 15) - s$ (0 : 12) - $ (2 : 17) - int$ (1 : 22) - us-completion$ (2 : 5) - c-remove-command-completions$ (4 : 3) - ve-command-completions$ (4 : 9) - - - at-point$ (1 : 17) - com - mand-completions$ (4 : 12) - pletion - -at-point$ (1 : 6) - s$ (4 : 20)$ (0 : 3) - $ (2 : 8) - p - attern$ (3 : 26) - oint$ (1 : 20) - flex- - pattern$ (3 : 21) - -make-flex-pattern$ (3 : 10) - -make-flex-pattern$ (3 : 15) - make-flex-pattern$ (3 : 16) - remove-command-completions$ (4 : 5) - c - -remove-command-completions$ (4 : 4) - om - int-completion-at-point$ (1 : 0) - pletion - - - flex--make-flex-pattern$ (3 : 0) - at-point$ (1 : 7) - s$ (0 : 4) - $ (2 : 9) - mand-completions$ (4 : 13) - m - int-completion-at-point$ (1 : 2) - pletion - - - flex--make-flex-pattern$ (3 : 2) - at-point$ (1 : 9) - s$ (0 : 6) - $ (2 : 11) - a - nd-completions$ (4 : 16) - ke-flex-pattern$ (3 : 17) - ove-command-completions$ (4 : 8) - mand-completions$ (4 : 15) - p - oint$ (1 : 21) - letion - - - flex--make-flex-pattern$ (3 : 3) - at-point$ (1 : 10) - s$ (0 : 7) - $ (2 : 12) - revious-completion$ (2 : 0) - attern$ (3 : 27) - l - doc-remove-command-completions$ (4 : 1) - e - x- - pattern$ (3 : 23) - -make-flex-pattern$ (3 : 12) - tion - - - flex--make-flex-pattern$ (3 : 4) - at-point$ (1 : 11) - s$ (0 : 8) - $ (2 : 13) - e - vious-completion$ (2 : 2) - tion - - - flex--make-flex-pattern$ (3 : 5) - at-point$ (1 : 12) - s$ (0 : 9) - $ (2 : 14) - x- - pattern$ (3 : 24) - -make-flex-pattern$ (3 : 13) - - - command-completions$ (4 : 11) - flex-pattern$ (3 : 20) - rn$ (3 : 31) - ldoc-remove-command-completions$ (4 : 0) - move-command-completions$ (4 : 7) - t - - - point$ (1 : 19) - completion-at-point$ (1 : 5) - ion - - - flex--make-flex-pattern$ (3 : 6) - at-point$ (1 : 13) - s$ (0 : 10) - $ (2 : 15) - $ (1 : 25) - tern$ (3 : 29) - ern$ (3 : 30) - n - t - $ (1 : 24) - -completion-at-point$ (1 : 4) - s$ (0 : 13) - - - flex--make-flex-pattern$ (3 : 9) - at-point$ (1 : 16) - $ (3 : 33)$ (2 : 18) - d-completions$ (4 : 18) - s - -completion$ (2 : 7) - $ (0 : 14) - $ (2 : 19)$ (1 : 26)$ (0 : 15) - a - ke-flex-pattern$ (3 : 18) - t - tern$ (3 : 28) - -point$ (1 : 18) - nd-completions$ (4 : 17) - r - n$ (3 : 32) - e - move-command-completions$ (4 : 6) - vious-completion$ (2 : 1) - v - e-command-completions$ (4 : 10) - ious-completion$ (2 : 3) - us-completion$ (2 : 6) - flex- - pattern$ (3 : 22) - -make-flex-pattern$ (3 : 11) - x- - pattern$ (3 : 25) - -make-flex-pattern$ (3 : 14) - ke-flex-pattern$ (3 : 19) diff --git a/suffix tree/suffiex-tree.txt b/suffix tree/suffiex-tree.txt deleted file mode 100644 index 6eb4b5a..0000000 --- a/suffix tree/suffiex-tree.txt +++ /dev/null @@ -1,168 +0,0 @@ -Title: Suffix Trees -Author: JSDurand -Created: 2020-01-03 -------------------- - -====================================================================== - Motivation to implement this algorithm in Emacs -====================================================================== - -The reason I want to implement this algorithm is a problem I -encountered in using the package "orderless", which provides a -completion-style for the built-in completion system in Emacs. The -problem is that the function "orderless-try-completion" does not -handle completion aggressively in a way that conforms to the -documentation of "try-completion". To be more precise, if there is -only one match for the current text input, then this function returns -that match (rather than comforming to the requirement in the -documentation of "try-completion" by returning t, since it wants to -highlight the matches by itself). This isn't a problem from the -perspective of the user, and if there are no matches, then this -correctly returns nil. But in any other cases, this function returns -the original string, instead of the longest common substring, as a -user might desire. - -Initially, this does not seem like a serious concern: the user could -still select a completion from the "*Completions*" buffer once the -list of candidates becomes small enough to easily manage. But as time -goes by, this starts to frustrate me. For example, when there are only -two candidates left, but one is a substring of another, then I cannot -use the completion feature to quickly select (or "complete to") the -shorter candidate, unless I type out the full candidate string, or to -choose from the "*Completions*" buffer. For me this kind of defeats -the main purpose of the built-in completion system. - -So I start wondering, is it possible to fix the problem by finding the -longest common substring in all the matches? From a naïve first -impression, this seems to be what the user might expect in most cases. - - - -====================================================================== - Choice of the algorithm -====================================================================== - -After some thinking and searching through the internet, I found that -perhaps the most flexible and performant solution to the problem of -finding the longest common substring(s) of multiple strings is to -build a "generalized suffix tree" of them, and then use a tree -traversal to find the longest common substring(s). Well, this is all -fun and great. The only problem is that it is difficult to build a -suffix tree (or a generalized one). - -So I decide to implement the seemingly fastest algorithm to construct -a suffix tree of strings and hope that this can not only solve my -problem but also help others out in some other problems in the future. - - - -====================================================================== - Definitions -====================================================================== - -I describe the basic definition of a suffix tree briefly below. - -In this document a string is a sequence of alphabets. In particular, -for the case of Emacs, these alphabets are just numbers. We begin by -considering a string S of length n. A suffix of S is a substring of S -of the form S[i..n] for some i from 1 to n. And we also say the empty -string is a suffix of S. A suffix tree of S is defined as a rooted -tree T (so it has a node called "root" that is the ancestor of every -other node) whose every edge has a label which is a substring of S -that satisfies the following conditions: - -- Starting from the root of T, walking down any path to a leaf, and - concatenating the labels along the way, then we will get a suffix of - S. And every suffix of S is obtained in this way as well. -- Every node has at least two out-going edges. -- For every node, every two out-going edges cannot have labels that - start with the same letter. (So two edges with labels both starting - with 'a' cannot emanate from the same node.) - -Intuitively speaking, this is to list all suffixes of S as an edge -from the root to a leaf, and then "merge" these suffixes so that any -common prefix among some of them is in only one edge. - -As a concrete example, the suffix tree for "hah$" is given as follows. -I am using the library "hierarchy.el" to visualize trees. - -root - h - $ - ah$ - ah$ - $ - - - - -====================================================================== - Naive description of the algorithm -====================================================================== - -Below is a breif description of the algorithm. For a description in -"plain English", see the accepted answer to this Stack Overflow post. - -https://stackoverflow.com/questions/9452701/ - -Fonr a more detailed survey on the principle behind the algorithm and -on many other related topics, see the book "Algorithms on Strings, -Trees, and Sequences: Computer Science and Computational Biology" by -Dan Gusfield, or if you prefer reading the original paper, then the -original paper by Ukkonen is as follows. - -https://link.springer.com/article/10.1007/BF01206331 - -(I am fortunate enough to be able to access the article. If you want -to read that PDF and don't want to pay Springer, let me know and I can -send you the file.) - -Given a string S of length n, we will first append a symbol that is -not present anywhere in S, in order to ensure that no suffix of S is -also the prefix of another suffix of S; otherwise S cannot have a -suffix tree. I refer to this terminating symbol as $. - -Also an edge of the tree is not labelled explicitly by strings. To do -so would violate already the linear time constraint. Instead, we -represent each edge with a pair of integers, interpreted as the -indices of the starting and the ending positions of the associated -substring in T. - -The algorithm has n + 1 iterations. We start with the following -variables: - -- A root node. -- An active node. -- An active edge. -- The length of the active edge. -- "remainder" with value 0. - -Then we want to add n + 1 symbols to the tree iteratively. - -In the i-th iteration we look to add the substring -S[(i-remainder+1)..i] of S. In Emacs Lisp this is expressed as -(substring S (- i remainder -1) (1+ i)). - -And in each iteration we do the following things (the description that -follows is not rigorous; see the sources mentioned above for more -detailed and rigorous expositions): - -- Check if the "active point" specified by the triple - (active node, active edge, active edge length) - has an edge going out whose first letter of the label matches the - i-th character of S. -- If it matches, then that means we don't have to add anything to - the tree: we just update the specifications of the active point to - point to the right place. -- Otherwise, we add the i-th charcter of S as a new leaf of the - active point. This may involve splitting an edge. -- In both of the sub-cases, if there is a node that we created in - the last round, then we add a "suffix link" that points to the - current node. This suffix link is the main reason this algorithm - can run in linear time. -- After updating the active point, we still need to make sure that our - specification of the active point is valid. We do this by examining - if the active length is >= the length of the active edge. If so, - then we set the active point to follow the path. - -Then we repeat until S(i) equals the terminating symbol. diff --git a/suffix tree/suffix tree test ground.txt b/suffix tree/suffix tree test ground.txt deleted file mode 100644 index e566bf7..0000000 --- a/suffix tree/suffix tree test ground.txt +++ /dev/null @@ -1,145 +0,0 @@ -suffix tree for "aabbccba$" -root - a - bbccba$ - abbccba$ - $ - b - ccba$ - bccba$ - a$ - c - ba$ - cba$ - $ - - - -suffix tree for "durand-bongo-play-previous-or-last" -root - d - -bongo-play-previous-or-last - urand-bongo-play-previous-or-last - u - s-or-last - rand-bongo-play-previous-or-last - r - evious-or-last - and-bongo-play-previous-or-last - -last - a - y-previous-or-last - nd-bongo-play-previous-or-last - st - n - go-play-previous-or-last - d-bongo-play-previous-or-last - - - p - revious-or-last - lay-previous-or-last - bongo-play-previous-or-last - or-last - last - bongo-play-previous-or-last - o - -play-previous-or-last - ngo-play-previous-or-last - us-or-last - r-last - go-play-previous-or-last - p - revious-or-last - lay-previous-or-last - la - st - y-previous-or-last - y-previous-or-last - evious-or-last - vious-or-last - ious-or-last - s - t - -or-last - t - - - -suffix tree for strings: aaaaa$ -root - a - $ - a - $ - a - $ - a - $ - a$ - $ - - - -suffix tree for strings: aaaaabbb$ -root - a - bbb$ - a - bbb$ - a - bbb$ - a - bbb$ - abbb$ - b - $ - b - $ - b$ - $ - - - -Generalized suffix tree for: abab, baba: -root - a - $ (1 : 3) - b - $ (0 : 2) - a - $ (1 : 1) - b$ (0 : 0) - b - $ (0 : 3) - a - $ (1 : 2) - b - a$ (1 : 0) - $ (0 : 1) - $ (1 : 4)$ (0 : 4) - - - -Generalized suffix tree for: abab, baba, cbabd: -root - a - $ (1 : 3) - b - $ (0 : 2) - a - $ (1 : 1) - b$ (0 : 0) - d$ (2 : 2) - b - $ (0 : 3) - a - $ (1 : 2) - b - a$ (1 : 0) - $ (0 : 1) - d$ (2 : 1) - d$ (2 : 3) - $ (2 : 5)$ (1 : 4)$ (0 : 4) - cbabd$ (2 : 0) - d$ (2 : 4) - diff --git a/suffix tree/suffix-tree.el b/suffix tree/suffix-tree.el deleted file mode 100644 index 0d929d0..0000000 --- a/suffix tree/suffix-tree.el +++ /dev/null @@ -1,397 +0,0 @@ -;;; suffiex-tree.el --- Ukkonen algorithm for building a suffix tree -*- lexical-binding: t; -*- - -;;; Author: Durand -;;; Version: 0.0.1 - -;;; Commentary: - -;; Our node is represented as a list of the following elements: - -;; start , which is the starting index of the edge going from its parent -;; node to this node -;; end , the index of the end of the above edge -;; suffix-link, the index of the node this node's suffix-link points to -;; children , a hash-table of pairs of integers and indices of its -;; children - -;; To compute the length of the edge going into NODE we use: -;; (- (min end (1+ position)) start) -;; which is actually how far the position is on that edge, -;; if it is on that edge. - -;;; Code: - -;;;###autoload -(defun st-min (&rest args) - "Return the minimum among ARGS. -If an argument is 'infty, then it is considered greater than -every number." - (apply #'min (delq nil - (mapcar - (lambda (arg) - (cond - ((number-or-marker-p arg) arg) - ((eq arg 'infty) nil))) - args)))) - -;;;###autoload -(defun st-edge-length (node position) - "Return the length of the edge into NODE. -See the comment above this function for the reason -POSITION is here." - (- (st-min (car (cdr node)) (1+ position)) - (car node))) - -;;;###autoload -(defun st-new-node (tree last-added start &optional end) - "Make a new node with START and END as the coming edge. -Then add the new node to TREE. -LAST-ADDED is the number of elements already in the TREE." - (let* ((end (or end 'infty) ;; 'infty represents the index of a leaf - ) - (suffix-link 0) ;; The suffix link is initially 0 - (new-node - (list start end - suffix-link - (make-hash-table)))) - (puthash (1+ last-added) new-node tree) - (1+ last-added))) - -;;;###autoload -(defun st-add-suffix-link (tree need-sl node) - "If NEED-SL is positive, then add the suffix link. -In particular, the node corresponding to NEED-SL in TREE -gets a suffix link pointing to NODE. - -This always returns NODE." - (cond - ((and (> need-sl 1) (/= need-sl node)) - (setcar (cdr (cdr (gethash need-sl tree))) node))) - node) - -;;;###autoload -(defun st-canonize (tree node position active-edge-index active-length active-node) - "Walk down TREE to find the correct active point." - (let ((node-edge-length (st-edge-length (gethash node tree) position))) - (cond - ((>= active-length node-edge-length) - (list t - (+ active-edge-index - node-edge-length) - (- active-length - node-edge-length) - node)) - (t - (list nil - active-edge-index - active-length - active-node))))) - -;;;###autoload -(defun st-extend-tree (tree last-added position remain - active-node active-edge-index - active-length character str) - "Extend a tree by CHARACTER. -The return value is -(tree last-added remain active-node - active-edge-index active-length)" - (let* ((need-sl 0) - (remain (1+ remain)) - continue-p breakp) - (while (and (not breakp) (> remain 0)) - (setq continue-p nil breakp nil) - (cond - ((= active-length 0) - (setq active-edge-index position))) - (let* ((actual-node (gethash active-node tree)) - (nxt (cond - (actual-node - (gethash (aref str active-edge-index) - (cadr (cdr (cdr actual-node)))))))) - (cond - ((null nxt) - (let ((leaf (st-new-node tree last-added position))) - (setq last-added leaf) - (puthash (aref str active-edge-index) - leaf - (cadr (cdr (cdr (gethash active-node tree))))) - (setq need-sl (st-add-suffix-link tree need-sl active-node))) - ;; rule 2 - ) - (t - (let* ((result (st-canonize - tree nxt position active-edge-index - active-length active-node))) - (cond - ((car result) - ;; observation 2 - (setq active-edge-index (cadr result)) - (setq active-length (caddr result)) - (setq active-node (cadr (cddr result))) - (setq continue-p t)) - (t - (cond - ((eq (aref str (+ active-length - (car (gethash nxt tree)))) - character) - ;; observation 1 - (setq active-length (1+ active-length)) - (setq need-sl (st-add-suffix-link tree need-sl active-node)) - (setq breakp t))) - (cond - (breakp) - (t ;; splitting - (let ((split (st-new-node - tree last-added (car (gethash nxt tree)) - (+ (car (gethash nxt tree)) active-length)))) - (setq last-added split) - (puthash - (aref str active-edge-index) - split (cadr (cdr (cdr (gethash active-node tree))))) - (let ((leaf (st-new-node tree last-added position))) - (setq last-added leaf) - (puthash character leaf - (cadddr (gethash split tree))) - (setcar (gethash nxt tree) - (+ (car (gethash nxt tree)) - active-length)) - (puthash (aref str (car (gethash nxt tree))) nxt - (cadddr (gethash split tree))) - ;; rule 2 - (setq need-sl - (st-add-suffix-link tree need-sl split))))))))))) - (cond - ((or continue-p breakp)) - (t - (setq remain (1- remain)) - (cond - ((and (eq active-node 1) ; root - (> active-length 0)) - (setq active-length (1- active-length)) - (setq active-edge-index - (1+ (- position remain)))) - (t - (setq active-node - (let ((slink (caddr (gethash active-node tree)))) - (cond - ((> slink 1) slink) - ; or root - (t 1)))))))))) - (list tree last-added remain active-node - active-edge-index active-length))) - -;;;###autoload -(defun st-build-for-str (str) - "Build the suffix tree for STR." - (let* ((position 0) - (character (ignore-error 'error (aref str position))) - (tree (make-hash-table)) - (last-added 0) - (remain 0) - (active-node (st-new-node tree last-added -1 -1)) - (active-edge-index 0) - (active-length 0) - result) - (setq last-added active-node) - (while character - (setq result (st-extend-tree tree last-added position remain - active-node active-edge-index - active-length character str)) - (setq tree (pop result)) - (setq last-added (pop result)) - (setq remain (pop result)) - (setq active-node (pop result)) - (setq active-edge-index (pop result)) - (setq active-length (pop result)) - (setq position (1+ position)) - (setq character (ignore-error 'error (aref str position)))) - tree)) - -;;; Some printing functions - -(require 'hierarchy) - -;;;###autoload -(defun st-print-str (str) - "Print generalized string" - (mapc (lambda (char) - (cond ((characterp char) (insert char)) - (t (insert ", ")))) - str)) - -;;;###autoload -(defun st-print-tree-for-str (str) - "Print the suffix tree for STR." - (let* ((symbol (make-symbol "test"))) - (set symbol (st-build-for-str str)) - (insert "suffix tree for strings: ") - (st-print-str str) - (insert "\n") - (st-print-tree (symbol-value symbol) str))) - -;;;###autoload -(defun st-reduce-index (node strs) - "Reduce the second element of the NODE." - (let* ((lengths (mapcar #'length strs)) - (start (car node)) - (end (cadr node)) - (first-greater-than-start - (let ((sum -1) (index 0) done result) - (while (and (not done) (< index (length strs))) - (cond - ((<= (+ sum (nth index lengths)) start) - (setq index (1+ index)) - (setq sum (+ sum (nth index lengths)))) - (t (setq result (+ sum (nth index lengths))) - (setq done t)))) - (cond ((null result) (setq result (1- (apply #'+ lengths))))) - result))) - (st-min end first-greater-than-start)) - ;; (let* ((start (car node)) - ;; (end (cadr node)) - ;; (index start) - ;; result stop) - ;; (while (and (not stop) (or (eq end 'infty) (<= index end))) - ;; (cond - ;; ((and (< index (length str)) (characterp (aref str index))) (setq index (1+ index))) - ;; (t (setq stop t) - ;; (setq result index)))) - ;; (cond ((and (numberp end) (= index (1+ end))) (setq result end))) - ;; (cond ((<= result start) (setq result 'end))) - ;; result) - ) - -;; ;;;###autoload -;; (defun st-build-generalized-tree (strs) -;; (let* ((copy strs) -;; (long-str -;; (let ((index 1) result) -;; (while (consp copy) -;; (setq result (vconcat result -;; (car copy) -;; (vector (- index)))) -;; (setq index (1+ index)) -;; (setq copy (cdr copy))) -;; result)) -;; (tree (make-symbol "tree"))) -;; (set tree (st-build-for-str long-str)))) - -;;;###autoload -(defun st-print-tree (tree str) - "Print TREE with the aid of STR." - (let* ((symbol-tree (make-symbol "test-tree"))) - (set symbol-tree (hierarchy-new)) - (maphash - (lambda (key value) - (hierarchy-add-tree - (symbol-value symbol-tree) key nil - (lambda (item) - (hash-table-values (cadr (cdr (cdr (gethash item tree)))))))) - tree) - (hierarchy-print (symbol-value symbol-tree) - (lambda (item) - (cond ((= item 1) "root") - (t (let* ((node (gethash item tree)) - ;; (reduced (st-reduce-index node str)) - ) - (substring str (car node) - (cond ((integerp (cadr node)) (cadr node)))) - ;; (cond ((eq reduced 'end) "$") - ;; (t (apply #'string - ;; (append - ;; (seq-subseq str (car node) - ;; reduced - ;; ;; (cond ((integerp (cadr node)) (cadr node))) - ;; ) - ;; nil)))) - - ;; (format "%d): (%S, %S): (%d): \"%s\"" - ;; item - ;; (car node) - ;; (cadr node) - ;; (caddr node) - ;; (substring str (car node) (cond ((integerp (cadr node)) (cadr node)))) - ;; ) - ))))))) - -(provide 'suffix-tree) -;;; suffiex-tree.el ends here - -;;; archive - -;; ;;;###autoload -;; (defvar st-root nil -;; "The root of the suffix tree.") - -;; ;;;###autoload -;; (defvar st-position nil -;; "The current position in the string.") - -;; ;;;###autoload -;; (defvar st-wait-for-link nil -;; "The node that is waiting to have a suffix link.") - -;; ;;;###autoload -;; (defvar st-remain nil -;; "The number of remaining suffixes to insert.") - -;; ;;;###autoload -;; (defvar st-active-node nil -;; "Where to insert a new suffix.") - -;; ;;;###autoload -;; (defvar st-active-edge-index nil -;; "The index of the active edge.") - -;; ;;;###autoload -;; (defvar st-active-length nil -;; "How far down is the active point down the active edge.") - -;; (insert (format "after character %c, the tree becomes\n" character)) -;; (insert (format "string is %s\n" (substring str 0 (1+ position)))) -;; (insert (format "active-node: %d\n" active-node)) -;; (insert (format "active-edge: %c\n" (aref str active-edge-index))) -;; (insert (format "active-length: %d\n" active-length)) -;; (cond ((eq last-added 11) -;; (insert (format "slink: %d\n" (caddr (gethash active-node tree)))) -;; (insert (format "con: %S" continue-p)) -;; (insert (format "breakp: %S\n" breakp)))) -;; (st-print-tree tree (substring str 0 (1+ position))) -;; (insert "\n\n") - - -;; ;;;###autoload -;; (defvar st-output-buffer-name "*suffix-tree*" -;; "The name of the buffer that contains the output.") - -;; ;;;###autoload -;; (defun st-print-tree (tree node str prefix) -;; "Print TREE in the dedicated output buffer starting at NODE. -;; PREFIX is used to recursively call this function. - -;; We need STR since the information we stored in the tree -;; only contains the index into STR, -;; for the sake of optimizations." -;; (with-temp-buffer-window st-output-buffer-name '((display-buffer-at-bottom)) nil -;; (st-print-tree-internal tree node str prefix))) - -;; ;;;###autoload -;; (defun st-print-tree-internal (tree node str prefix) -;; "The function that really prints out the data." -;; (let* ((node-data (gethash node tree)) -;; (start (car node-data)) -;; (end (cadr node-data)) -;; (edges (cdddr node-data)) -;; (node-num (format "(%d)" node)) -;; (node-label (format "%s-%s-%s" -;; prefix node-num -;; (substring str start end)))) -;; (prin1 node-label) -;; ;; print the first edge -;; (let* ((prefix-base (concat -;; prefix -;; (make-string (length node-label) 32))) -;; ;; TODO -;; )))) - - diff --git a/tab-conf.el b/tab-conf.el index eb58fe1..5f9cf83 100644 --- a/tab-conf.el +++ b/tab-conf.el @@ -57,7 +57,8 @@ display in the new tab." (cdr (assoc 'name (cadr tabs)))))) ((equal arg (cons 16 nil)) (tab-bar-close-tab-by-name - (completing-read "Close tab: " + (completing-read (format "Close tab (default %s) : " + (cdr (assoc 'name (car tabs)))) (mapcar (lambda (tab) (cdr (assoc 'name tab))) tabs) |